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人気テレビシリーズ「LEGO(R) ニンジャゴー」の世界観を元に作成されたオリジナルゲームがニンテンドー3DSに登場！伝統的な過去の「LEGO(R)」シリーズとは一線を画す、よりアクション重視のゲームプレイが特徴になっている。

本作は、ゼンと再会したニンジャ達が「エレメント・トーナメント」から帰還した後の物語である。

舞台は伝統と先鋭とが交錯する不思議な魅力に包まれたニンジャのふるさと「ニンジャゴー」。

日々、ウー先生との修行に明け暮れていたニンジャの面々であったが、そんなある日、トレーニングパートナーとして道場に現れた謎の男の一撃によって、彼らは皆、断片的に記憶とパワーを失った状態となってしまった。

それは刹那の出来事であったが、襲撃を目撃したウー先生には、謎の男の持つ武器に心当たりがあった。

それは黒曜石 (Obsidian)の武器とよばれ、禁じられた古代の兵器であるらしいが、一方で、それを集めることでニンジャ達は元の状態に戻ることができるという。

失われた記憶を取り戻すため、また、謎の男の陰謀を探るため、4人のニンジャと仲間の冒険が始まる。